本发明公开了一种抑制永磁同步电机伺服系统转矩脉动和测量噪声的双环补偿方法。该方法先通过卡尔曼滤波模块抑制速度编码器中的白噪声干扰，再采用含陷波滤波器和低通滤波器的电流补偿模块来抑制电流环的周期性谐波和干扰，提高稳态时速度的精度。在此基础上，利用速度补偿模块对速度环过大超调量进行抑制，通过卡尔曼观测器和双环补偿器抑制速度传感器白噪声，减小速度环超调量，减小速度稳态抖振。该方法包括如下步骤：1)抑制速度传感器测量噪声；2)抑制电流环周期性谐波；3)抑制电流偏移和增益误差；4)抑制速度环反馈超调。本发明利用含卡尔曼观测器的双环路补偿算法，比传统的永磁同步电机控制方法有更高的准确性和抗噪声的能力。