本发明公开了一种高强耐损伤点阵结构设计系统及设计方法，包括梯度点阵结构特征提取模块、方案生成模块、性能分析模块和结构设计模块，梯度点阵结构特征提取模块对其特征进行提取，通过软质泡沫或塑料材料或金属材料赋予来生成方案以进行性能分析，在保证等质量的情况下，利用屈服强度和最小胞元密度种类进行分类，对现有的梯度点阵结构的最小胞元密度进行替换和组合来完成结构再设计，进而形成高强耐损伤点阵结构，本发明设计方法简单，使得密度较小的薄弱区域得以均匀分布，从而大幅提高了结构的整体强度，显著的增强了原梯度点阵结构的力学性能。