本发明公开了一种利用黄浆水生产S‑雌马酚工程菌及应用，所述基因工程菌的构建方法为：通过过表达糖苷型大豆异黄酮转运蛋白bglF基因和磷酸化β‑葡萄糖苷酶bglB基因，将黄浆水中的大豆苷转化为大豆苷元；导入编码大豆苷元到S‑雌马酚转化酶基因dznr、ifcA、ddr和tdr；导入编码β‑呋喃果糖苷酶的sacC基因；敲除大肠杆菌底盘细胞中的葡萄糖跨膜转运基因ptsG，获得基因工程菌。本发明所获得基因工程菌可以以豆制品生产过程中的副产物黄浆水为原料，利用黄浆水中的蔗糖为碳源，将黄浆水中的大豆苷转化为S‑雌马酚，不仅节约了S‑雌马酚生物合成成本，而且实现了黄浆水的资源化利用，具有广阔的应用前景。