本发明涉及无人机基站固件升级技术领域，具体地说，涉及一种无人机中继基站的固件升级方法及系统。该方法包括如下步骤：将至少一个中继基站无线连接到服务端，无线连接包括第一通信链路和第二通信链路，其包括如下步骤：通过第一通信链路从服务端获取固件升级包并进行固件升级；当固件升级失败时，将第一通信链路切换为第二通信链路；通过第二通信链路从服务端获取固件升级包并进行固件升级。该系统用于实现上述方法。本发明能够较佳地实现中继基站的可靠、稳定升级。