本发明公开了一种基于机械臂的毛囊取发控制方法及系统，其中所述方法包括：控制RGB相机采集第一图像，第一图像为包含有人体头部的毛囊密集区域的视野图像；根据第一图像，控制机械臂横向移动直至其所携带的植发笔的刀尖朝向毛囊密集区域；控制结构光相机采集第二图像，第二图像为毛囊密集区域的完整点云图像；将第二图像降维转换为二维俯视图，利用预先创建的毛囊识别模型对二维俯视图进行识别，得到若干个采集毛囊目标框；根据若干个采集毛囊目标框，确定植发笔的进刀参数；根据进刀参数，控制植发笔进行取发。本发明可以实现毛囊提取手术的自动化和智能化，提高手术效率和手术质量，同时有效地降低人力成本和时间成本。