本发明旨在解决斜带石斑鱼养殖过程中感染刺激隐核虫后死亡率高的问题，在石斑鱼养殖过程中，为其注射一种免疫保护效果较好的重组蛋白疫苗，大大提高了斜带石斑鱼的抗病成活率。本发明也旨在解决刺激隐核虫疫苗制备成本较高且免疫保护效果不佳的技术问题，提供了一种基于刺激隐核虫膜蛋白CiIA1的亚单位疫苗制备方法，首次筛选鉴定出刺激隐核虫的CiIA1膜蛋白，并对其进行优化重组表达，以其作为抗原制备疫苗，大大提高了石斑鱼的抗刺激隐核虫感染的能力。