本发明公开了一种卫星导航安全效能分析系统及建立方法，包括：任务制定与规划子系统、仿真引擎子系统、运行显示子系统、导航安全体系模型子系统、安全分析子系统、态势接入子系统和实物系统驱动子系统。通过建立涵盖导航系统模型、增强系统模型、威胁系统模型、环境模型、用户接收模型和备份导航模型等多类仿真模型库，采用标准易扩展的仿真架构，简单易用的界面和接口，解决导航安全任务筹划、效能评估和导航模拟训练和战术战法研究的问题，实现实测场景与软件分析场景的协同验证。