本发明适用于管网养护技术领域，涉及一种城市地下排水管网养护智能决策方法及系统，包括以下步骤：排水管网功能性病害三维瞬时水力模型分析；利用有限单元拟合分析和足尺试验对参数进行率定，并验证排水管网功能性病害三维瞬时水力模型的准确性；结合节点水位迭代法、Preissmann狭缝法、Godunov有限体积法和非结构网格，重新构建地表一二维地下耦合连接模型；采用R语言、动态库链接技术和多源数据样本的长短记忆神经网络方法，实现一二维耦合连接模型的工程化二次开发，得到带内涝结果标签的城市排水管网功能性病害情况；建立排水管网养护的多目标规划智能决策模型及其求解方法。本发明可满足城市地下排水管网智能化、精确化和科学化管理和决策需求。