本发明公开了一种猪链球菌的反向筛选标记、含有该反向筛选标记的猪链球菌及其应用。所述的反向筛选标记为突变后的编码猪链球菌苯丙氨酸tRNA合成酶α亚基的pheS基因，突变后的pheS基因导致了编码的猪链球菌苯丙氨酸tRNA合成酶α亚基发生了T261S和A315G双取代突变，PheS突变体通过与菌株自身的野生PheS蛋白竞争，翻译过程中将p‑Cl‑Phe错误地掺入到合成的蛋白质中，从而在p‑Cl‑Phe存在条件下，表达PheS突变体的菌株死亡，不表达PheS突变体的菌株生存。利用这一高效反向筛选标记，本发明还建立了高效的猪链球菌无痕基因操作方法，用于实现猪链球菌的无痕基因缺失、基因融合和基因突变等无痕基因操作，在研究猪链球菌生理和病理机制、制备疫苗株方面具有很好的应用前景。