本发明涉及生物医药技术领域，尤其涉及一种靶活性天然产物筛选方法，包括以下步骤：S1、根据靶活性分子评价指标、靶活性分子集多模态描述符和靶活性分子集的构效模型建立靶活性数据集的多模态构效模型；S2、从公开数据集中下载若干天然产物数据集SMILES；S3、采用开源程序RDKIT对若干天然产物数据集SMILES进行标准化处理。本发明能够快速、高效且自动化对靶活性目标分子集的衍生天然产物进行富集、筛选和预测，这极大程度为替代副作用强或环境不友好型的人工合成药寻找天然产物药提供了有利手段，极大降低了天然产物药的研发周期，并促进天然产物药新活性的发现。