本发明公开了一种基于文件分割的信息隐藏方法及系统，属于数字取证技术领域，包括：获取映射序列、载体文件和秘密信息；根据映射序列的长度将载体文件平均分割，得到文件片段；对文件片段每次扫描预设数量的字节得到字节码，将字节码排列组成文件片段矩阵；对文件片段矩阵中的字节码进行概率统计得到各字节码出现的概率；根据字节码及其出现的概率计算文件信息序列；对映射序列进行预处理使其长度达到秘密信息的长度，得到判定序列，根据判定序列将秘密信息和文件信息序列进行比对生成对比序列，完成信息隐藏；降低寻找载体文件的难度，提高实用性。