本发明公开了一种适用于飞行器的主动柱面密封结构，包括密封腔体、固定连接在密封腔体一端的压紧端盖、偏心安装在密封腔体内的转子组件、开设在密封腔体上的进气孔，所述转子组件包括活动穿过密封腔体的旋转轴、与旋转轴固定连接的轴套，所述轴套外壁设置动压槽；还包括偏心安装在轴套外的浮动组件、用于控制所述浮动组件位置的主动控制组件。本发明提供一种适用于飞行器的主动柱面密封结构，要解决的技术问题之一是现有技术中的柱面密封为被动运行、调控能力极差的缺陷，实现可主动对密封性能进行调控、提高柱面密封技术在飞行器发动机领域的适用性的目的。