本发明公开了分离元宝枫籽油中神经酸的方法。本发明所提供的分离元宝枫籽油中神经酸的方法主要包括以下步骤：将元宝枫籽油与氢氧化钠的乙醇水溶液混合进行皂化反应，通过减压蒸馏除去乙醇后，经酸化、分液、水洗、干燥后得到神经酸含量5.0％左右的混合脂肪酸，再将混合脂肪酸加入一定稀释倍数的丙酮或乙醇中，进行三级分级结晶，将三级结晶纯化后得到神经酸含量为28％左右的脂肪酸进行硅胶柱层析，收集富含神经酸的层析液，通过减压蒸馏脱除溶剂，即得到较高含量60％左右的神经酸。本发明的方法对神经酸等不饱和脂肪酸破坏小，成本低，分离神经酸满足医药、保健品等行业的需求。