本申请提供一种多时间尺度智慧能源站协同运行控制方法及装置，用于对智慧能源站进行考虑可再生能源消纳的优化调度，该方法通过考虑运行成本与绿证‑碳交易成本，构建智慧能源站的优化调度模型；然后将智慧能源站的运行划分为日前优化调度、滚动优化调度和实时控制三个尺度，并分别制定具体控制算法；再根据智慧能源站的设备特性，将站内设备根据启停灵活性划分为三类，以不同裕度参与至不同时间尺度的控制中；最后在运行日内监测智慧能源站的运行状态，滚动求解优化调度模型，得到智慧能源站最优调度计划。本申请克服了不能充分激励可再生能源消纳和碳减排的问题，以及没有充分考虑可再生能源出力不确定性与综合能源系统灵活性的问题。