本发明公开了一种GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽的合成方法，该方法包括：固相合成GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽S1‑S4片段树脂，经裂解，纯化作为第一片段；合成GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽带侧链基团的赖氨酸，作为第二片段；按照GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽的肽序依次偶联氨基酸或肽片段，得到GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽的肽树脂，然后裂解，纯化得到GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽精肽。本发明能够降低D‑His、D‑Thr、D‑Phe等消旋杂质及+Gly杂质的产生，显著降低了粗品纯化的难度，大大提高了GCGR/GLP‑1R双靶点激动多肽的纯度和收率，降低了生产成本。