本发明公开了一种起飞离场与进近着陆飞行程序航径安全设计方法及系统，其方法如下：A、采集机场数据库、地形地貌数据、障碍物数据形成飞行程序基础数据库，在飞行程序航径设计系统中划设出初步飞行程序路径；B、飞行管理系统基于飞行程序基础数据库根据飞机机型性能模拟执行初步飞行程序路径并得到完整的模拟飞行航迹；C、对模拟飞行航迹进行机载告警验证优化；D、对模拟飞行航迹进行TCAS告警验证优化。本发明能够融合各相关方进行全方位、定制化的飞行程序航径设计与验证，其设计出飞行程序航径能充分衔接各阶段安全需求并协同满足各阶段实际需要，既提高了飞行程序航径的安全性能，又能满足了高可靠性、高安全性的定制化安全需求。