本发明公开了一种粘液渗透型大豆蛋白纳米颗粒及其制备方法与应用。该制备方法包括：用胃蛋白酶和胰酶分段酶解大豆分离蛋白，在中性pH下经不同温度热处理后将其在碱性pH下孵育，搅拌再回调pH至中性，离心后收集上清液得粘液渗透型大豆蛋白纳米颗粒，干燥处理得粘液渗透型大豆蛋白纳米颗粒。所述纳米颗粒具有纳米级尺寸，平均粒径为40～150nm，ζ电位为‑15～‑30mV。本发明首次利用热耦合pH驱动调节颗粒的尺度及带电性来制备粘液渗透型纳米颗粒，使得纳米颗粒的粘液渗透能力提升，可用于功能性食品、特医食品以及医药中。本发明原料天然健康，制备过程绿色安全、能耗低，工艺操作简单，能够进行快速连续化生产，具有巨大的应用价值。