本发明提供一种基于多频率超声的颈动脉三维重建方法及系统，属于医学检测技术领域，获取颈动脉相同静态位置的多个不同频率的超声图像，提取斑点噪声图，进行帧间相关性计算，去除相同或相近帧的超声图像，完成超声图像的筛选；对筛选过的颈动脉超声图像，利用语义分割网络进行颈动脉内膜及斑点分割；基于分割后的颈动脉内膜及斑块，进行配准及三维重建。本发明无需在超声探头上增加位置追踪装置，或额外的机械伺服装置，只需要在颈动脉扫描时保持匀速进行，通过斑点噪声图计算帧间相关性，并进行水平位置坐标补偿，即可对颈动脉进行快速准确的三维重建，通过重建的颈动脉三维模型计算颈动脉狭窄率，相比于传统基于纵切面的狭窄率计算更为准确。