本发明公开了超长轴系校中技术领域的一种基于负荷的超长轴系轴承负荷快速调整方法及系统，包括：S20：根据轴承与机舱布置信息和轴系校中工艺信息确定可调轴承位置信息和可调轴承数量信息；S30：根据轴系合理校中计算信息、可调轴承位置信息和可调轴承数量信息建立轴承负荷快速调整算法；S40：根据实测轴承负荷信息和轴承负荷快速调整算法计算可调轴承变位调整信息；S50：根据可调轴承变位调整信息生成轴承负荷快速调整作业指导书。本发明实现了所有可调轴承同时调整的施工过程，改变了超长轴系逐个调整、效率不高的轴承负荷试凑调整施工模式，能够显著提高轴系校中施工效率。