本发明公开了一种基于环糊精接枝壳聚糖(cyclodextrin grafted chitosan，CS‑g‑CD)的疫苗、制备方法及应用，属于生物医学工程领域，抗原分子、免疫刺激剂等通过“主客体”自组装方式与CS‑g‑CD结合形成超分子，并可进一步通过三聚磷酸钠等方法制备为纳米颗粒，作为疫苗药物。本发明提供的环糊精接枝壳聚糖，具有更好的溶解性能，其上修饰的环糊精提供了主客体结合位点，更容易用于与抗原分子的相互作用，形成高稳定性的自组装超分子疫苗制剂，利于更好的体内投递和抗原储存，从而利于提高免疫刺激能力。通过“主客体”自组装方式制备的疫苗制剂可以作为疫苗开发的一个平台，适用于更广泛的疫苗开发。