本发明提供一种可食用刺葡萄愈伤组织细胞花色苷提取纯化的方法，首次以刺葡萄愈伤组织细胞为原料提取纯化可食用花色苷，依次通过刺葡萄愈伤组织细胞的获取、刺葡萄愈伤组织细胞的预处理、制备花色苷提取液、花色苷提取液过滤、花色苷提取液浓缩、花色苷浓缩液检测、花色苷纯化和洗脱、及纯化花色苷获取等步骤获取可食用花色苷。本发明具有对刺葡萄愈伤组织细胞花色苷提取效果好、纯度高的显著特征，提取剂采用食品级乙醇与食品级柠檬酸作为混合提取溶剂，溶剂使用量小，无有毒物质残留，具备作为安全性食用花色苷生产的条件，同时采用刺葡萄愈伤组织细胞作为天然花色苷提取材料，该材料具有周年、全天候生产的特性、产量稳定、人为可控性等特点。