本发明属于分子生物学技术领域，涉及一组菊科植物分子鉴定的叶绿体SSR标记引物及其获取方法。该叶绿体SSR标记引物为SSR1、SSR2或SSR3中的一种或几种，其获取方法包括：1.检索并获取菊科叶绿体基因组；2.预测并获得鉴定的菊科叶绿体基因组SSR位点，开发SSR标记；3.电子PCR扩增菊科叶绿体SSR标记，并筛选多态性SSR标记；4.验证和获得用于菊科物种分子鉴定的叶绿体SSR标记。该叶绿体SSR标记引物及其获取方法，建立了菊科叶绿体SSR位点的鉴定和多态性分析的方法，提高了多态性SSR标记的筛选效率，减轻了试验工作量、提高了试验效率、节约了成本。