本发明涉及一种水下非合作平台运动要素最优解算过程的选择方法及系统，包括以下步骤：步骤一、建立水下非合作平台的最优解算过程的选择方法的监督学习分类模型；步骤二、构建运动要素解算方法分类神经网络模型；步骤三、构建水下非合作平台仿真样本集；步骤四、把探测信号序列输入到训练好神经网络参数的分类模型中，自动选择出运动要素最优解算过程。本发明构建了完整的面向水下非合作平台的运动要素解算方法智能选择方法，在已有探测信号序列和多种目标运动要素解算方法的情况下，能够自主选择一种最优的运动要素解算方法。