本发明公开了一种用tRNA组学来质控蛋白生物合成体系的方法，包括以下步骤：S1、对蛋白生物合成体系的tRNA进行测序归档；S2、对单个体系的tRNA进行组学分析；S3、对多个体系的tRNA进行组学比较；S4、建立公式化的质控指标，形成基于tRNA组学的质控指标及报告。本发明通过对蛋白生物合成体系的tRNA进行测序和组学分析，评估蛋白翻译环节的总体tRNA供给状态，与参比体系进行tRNA组学相似度计算、tRNA组学匹配查询和tRNA组学差异量化，从而实现对蛋白生物合成体系的鉴定、表征和质控等目的。具有适用范围广、指标可量化、稳定性和区分性好等优势，可以从总体tRNA供给角度对蛋白生物合成体系进行多维度量化质控。