本发明公开一种飞轮阵列储能系统的控制方法、飞轮阵列储能系统和电网系统，该方法包括总控制器确定飞轮阵列储能系统非初次开机运行，根据获取的电网信息获得飞轮总补偿功率，根据在线单体飞轮数量和飞轮总补偿功率获得单体飞轮补偿功率并以广播方式下发给对应的单体飞轮控制器；单体飞轮控制器接收到单体飞轮补偿功率并发送给对应的单体飞轮，以控制对应单体飞轮执行对应的功率补偿动作，并记录单体飞轮补偿功率的下发时间和下发时对应的飞轮转速，以及获取单体飞轮上报转速状态时的上报时间和上报转速，根据下发时间和下发时对应的飞轮转速、上报时间和上报转速对单体飞轮进行动作差异修正。该方法能提高系统稳定性、缩短响应时间和增大扩容量。