本发明公开了基于分数阶滑模控制器的永磁直流电机控制方法及系统，包括：在存在外部干扰的情况下，基于永磁直流电机的输出电流和输入电压，建立待控制永磁直流电机的数据驱动模型；通过扰动估计和偏导数估计，将所述数据驱动模型转换为新的数据驱动模型；针对新的数据驱动模型，建立对应的分数阶终端滑模函数；设计分数阶终端滑模函数的控制律；对分数阶终端滑模函数的控制律中的符号函数进行修正，以减轻抖振现象；基于分数阶终端滑模函数修正后的控制律，控制待控制永磁直流电机的运行。