本发明公开了一种提高SOFC系统寿命的控制优化方法和系统，属于燃料电池控制领域。本发明首先通过历史数据训练模糊神经网络，得到系统输入、时间与衰减电压的关系，并结合机理模型，构建数据‑机理结合的固体氧化物燃料电池系统衰减模型；其次，利用该模型获得长时间尺度下的数据，获得不同目标功率下，三个关键状态量在不同情况下对应的衰减速率，从中选取衰减速率处于较优区间时对应的关键状态量的取值范围，即可作为三个关键状态量的最优工作区间。将这些关键状态量进行有效的控制，可保证对系统衰减的影响是最小的，从而实现长寿且高效的控制。