本发明提供一种考虑水库调蓄影响的汛控水位不确定性的评估方法，包括：还原天然径流过程，构建洪水地区组成的联合分布；基于联合分布随机抽样技术模拟地区组成模式，并采用调度函数考虑上游水库的调蓄影响，获得出库流量过程；根据上游水库出库流量过程采用水动力学模型模拟洪水演进过程，推求考虑调蓄影响的偏不利洪水地区组成模式，并推求水库运行期的偏不利汛控水位；考虑偏不利组成模式，评估运行期设计洪水及汛控水位估计的样本抽样不确定性。本发明充分考虑实际工程中关心的偏不利组成模式，能对水库运行期设计洪水的估计更为准确，可为考虑调蓄影响的梯级水库群运行期设计洪水提供重要且可操作性强的参考依据。