本发明公开了一种高承台桩基础多测点低应变检测方法，包括以下步骤：沿地表出露部分桩身竖向等间距布置三个速度传感器，用于接收水平或竖直方向桩身速度响应分量；于所有传感器上方桩身施加测试激励；将传感器所采集的速度响应信号进行上、下行波分解，并通过积分变换在频域内构建泛频响函数；通过泛频响函数与虚拟半正弦激励得到剔除复杂上部结构振动特性的虚拟速度响应结果；利用现有基桩振动解析解，通过调整解析解中桩长，对虚拟速度响应结果进行拟合，搜寻最优拟合时的桩长作为预估值，并以此对桩身完整性进行判断。本方法克服了现有技术的局限，处理后的桩底反射信号清晰可辨，有利于准确判断桩长及桩身缺陷，可用于高承台桩基完整性检测。