本发明涉及基板处理系统和基板处理方法。提供能够使基板处理系统小型化的技术。基板处理系统具有：送入送出部，其用于送入送出收纳多片所述基板的盒；批量处理部，其成批地处理包含多片基板的批次；单片处理部，其逐片处理所述批次的所述基板；以及接口部，其在所述批量处理部和所述单片处理部之间交接所述基板，所述送入送出部、所述单片处理部、所述接口部、所述批量处理部以该顺序排列，所述接口部包括：批次形成部，其形成所述批次；以及输送部，其将所述基板从所述单片处理部向所述批次形成部输送且将所述基板从所述批量处理部向所述单片处理部输送。