本发明提出一种飞轮储能系统及其控制方法、计算机可读存储介质，飞轮储能系统包括第一控制器、第二控制器和飞轮阵列储能单元，该方法包括：判断第一控制器是否故障；若第一控制器无故障，则控制飞轮储能系统进入正常控制模式，以使第一控制器对飞轮阵列储能单元进行控制；若第一控制器故障，则控制飞轮储能系统进入备用控制模式，以使第二控制器对飞轮阵列储能单元进行控制。本发明实施例的飞轮储能系统的控制方法，在第一控制器故障时，控制飞轮储能系统进入备用控制模式，即使用第二控制器代替第一控制器工作，从而维持飞轮储能系统正常工作，提高了飞轮储能系统的稳定性、可靠性及持续工作的能力，同时，方便维修人员延时对系统进行检修。