本发明公开了一种氨噻肟酸中间体的连续流合成方法，属于有机合成技术领域。包括以下步骤：(1)将2‑甲氧亚胺基乙酰乙酸乙酯通过连续流微反应器的物料通道A、磺酰氯通过物料通道B、催化剂和引发剂通过物料通道C分别经过计量泵P1、P2和P3流入预设温度的反应通道中进行混合反应，反应结束后反应液由出料口流出；(2)反应液流出后滴加至硫脲水溶液中，控制pH进行反应，反应结束后调节pH至中性，降温、过滤、洗涤、烘干得到氨噻肟酸乙酯。本发明使用连续流微反应器，实现了连续反应，过程稳定容易控制，反应毒性小，收率可到92.94％，产物纯度可达99.55％。