本发明公开了用于制备薯蓣皂苷元的菌剂及其应用。该菌剂的活性成分为镰孢属真菌和砖格孢属真菌。所述砖格孢属真菌可为CPCC 400718，所述镰孢属真菌可为CPCC 400709、CPCC 400226和CPCC 400712中的至少一种。镰孢属真菌和砖格孢属真菌联合发酵含有盾叶薯蓣的培养基产薯蓣皂苷元的得率，比镰孢属真菌CPCC 400709单独发酵提高了9％‑16％。砖格孢属真菌和镰孢属真菌在发酵含有盾叶薯蓣的培养基产薯蓣皂苷元方面产生了协同作用。