本发明提供的一种黏土充填型岩溶隧道树根桩处治方法，涉及黏土充填型岩溶隧道处治领域。该方法包括：现场测量放样、间隔钻孔；清孔、验孔；验孔步骤合格后，在钻孔内安装钢筋笼；向钻孔灌注混凝土，并使混凝土覆盖钢筋笼，以完成桩基灌注；在桩基质量检测合格后，在黏土充填型岩溶隧道的仰拱底部施工碎石垫层和钢筋混凝土垫台；施工仰拱底钢支架、仰拱钢筋和仰拱混凝土，完成树根桩的施工。该黏土充填型岩溶隧道树根桩处治方法能有效解决夹砂层的问题，避免地基的不均匀沉降；并且便于对处治效果进行量测。