本发明提供了一种用于椭球箱底的柔性拼焊工装及拼焊方法，包括与被焊瓜瓣匹配的升降式胎膜瓣，其特征在于：所述升降式胎膜瓣镶嵌在所述纵缝胎膜框架等分机构的顶部，所述纵缝胎膜框架为半球形框架结构，所述纵缝胎膜框架被框架分割成若干结构和体积相同的等分机构，每个等分机构内部安装一个升降气缸，所述等分机构和所述升降气缸均安装在纵缝胎膜底座上方。本发明所述的用于椭球箱底的柔性拼焊工装及拼焊方法，解决了目前因二次装配问题导致的装配方法单一、装配灵活性较差以及瓜瓣铣切精度较低问题。