本发明公开了一种基于高频层序地层学的海相页岩气水平井靶窗选择方法，所述方法包括以下步骤：(1)从沉积学、古生物学、地球化学、测井响应等方面，识别层序划分标志，开展高频层序地层划分；(2)在五级旋回划分基础上，开展页岩亚层划分与对比；(3)选择地质与工程关键参数，建立页岩储层综合评价指数；(4)求取各亚层储层综合评价指数，确定页岩气水平井最优靶窗。本发明的有益效果是通过页岩高精度层序地层划分和储层综合评价，实现页岩气水平井最优靶窗定量化确定，以最大化提高单井产量。