本发明提供了一种火箭贮箱搅拌摩擦焊缝集成检测方法及系统，包括：实时检测步骤：通过形貌检测传感器、形貌检测单元实时检测焊缝表面高度信息；高度信息实时传输步骤：将高度信息实时传输到涡流阵列检测单元和涡流阵列检测传感器；提高控制步骤：通过控制涡流阵列传感器表面与焊缝表面的高度控制提高；实时显示步骤：将采用涡流阵列传感器采集到的表面缺陷和相控阵超声检测传感器采集到的内部缺陷信息实时显示在焊缝截面上；图像融合获取步骤：所述处理单元将涡流阵列和相控阵超声检测图像融合在同一图像中；处理单元获取格式为DICONDE的检测图像。本发明能够实现焊缝内部缺陷和表面缺陷的同时检测，可以实现缺陷的定性定位，提高检测效率。