一种合成DNA纳米球互补链的方法和测序方法，其中合成DNA纳米球互补链的方法包括：使用酶处理DNA纳米球的一链测序后的产物，其中一链测序的引物上有修饰，酶处理后，修饰被酶破坏使得引物被消化；使用多重置换扩增引物与上一步的产物进行杂交，其中多重置换扩增引物至少包括第一引物，该第一引物与一链测序的引物结合区域全部或部分互补；和在具有链置换功能的聚合酶作用下，以多重置换扩增引物和一链为引物，进行链置换反应生成DNA纳米球的互补链。本发明的方法在MDA之前，将占位的一链引物除去，空出位置来进行MDA引物杂交，因此增加了杂交引物量，从而增加DNB拷贝数。