本发明公开了一种适用于重构隧道衬砌的施工缝防水结构及其施工方法，防水结构包括既有衬砌、重构衬砌和初期支护，既有衬砌和重构衬砌之间形成错台施工缝，错台施工缝上设有至少三道止水胶，且既有衬砌与初期支护之间铺设有防水卷材；施工方法包括对既有衬砌进行部分拆除，并形成错台施工缝；在既有衬砌表面铺设防水卷材，并与初期支护的防水卷材进行搭接，搭接的宽度大于15cm；在错台施工缝的每个施工缝接触面均设置至少一道止水胶，止水胶的宽度大于或等于2cm，并施工重构衬砌。本发明提供了一种防、截、排相结合的防水结构体系，错台构造的施工缝增加了接触面面积，增强了新旧混凝土的黏结能力，实现了多层级防水及钢筋接头的错缝布置。