本发明提供一种基因枪介导的日本结缕草高效基因编辑方法，针对日本结缕草中的目标基因ZjSGR设计基于CRISPR/Cas9的sgRNA序列，将含有编码sgRNA序列的DNA片段连接到携带CRISPR/Cas9的载体中，采用基因枪介导转化法转化日本结缕草，或者，将含有编码sgRNA序列的DNA片段的载体、携带CRISPR/Cas9的载体以及含筛选标记基因的载体，采用基因枪介导转化法共同转化日本结缕草，实现对日本结缕草基因ZjSGR的定点突变，进而获得该基因功能缺失的转基因日本结缕草植株。本发明提供基因枪介导的日本结缕草高效基因编辑方法，作为一种定向编辑日本结缕草基因的工具，编辑效率高达37.5％。