本发明提供了一种梯度交联的两性离子修饰多层复合纳滤膜的制备方法，所述制备方法包括用聚丙烯腈超滤膜获得水解聚丙烯腈超滤膜，并在超滤杯中依次用具有戊二醛与十二烷基硫酸钠的混合溶液、两性聚乙烯亚胺溶液浸泡膜，然后用配制的单宁酸溶液对膜进行搅拌涂覆，再将膜压滤压实得到梯度交联的两性离子修饰多层复合纳滤膜。本发明同时也提供有将得到的复合纳滤膜用作盐与染料分离膜的应用。本发明所述的制备方法简便，膜表面具有亲水、疏松且交联的分离层，且制得的膜材料用于盐和染料的分离，具有较好的水通量、染料截留率和盐透过率。