本发明提供了一种直流式蒸汽发生器二回路启停系统，包括直流式蒸汽发生器、启动分离器、启动换热器、除氧器、给水泵、蒸汽联箱、冷凝器和汽轮机，给水泵的出水口与蒸汽发生器之间设有给水流量调节阀，蒸汽发生器与蒸汽联箱之间设有主蒸汽管道，启动分离器通过旁路蒸汽管道与主蒸汽管道连接于第一位置，第一位置与蒸汽联箱间设有第一蒸汽隔离阀，启动分离器与第一位置之间设置启动分离器入口隔离阀，启动分离器与蒸汽联箱间设置启动分离器出口隔离阀和启动分离器出口调节阀，启动换热器与除氧器之间设置疏水调节阀和疏水隔离阀。本申请满足蒸汽发生器启停过程中汽水分离、工质回收和进出口参数控制的要求，提高控制精度。