本发明提供了一种水下深层水泥搅拌船抗风高程计量系统，包括船体、高程编码装置、抗风调节机构、GPS定位装置和主控电脑，高程编码装置包括在桩架顶部第二滑轮组，在桩架底部的第三滑轮组，在两者上可滑动的且与处理机连接环形钢缆，以及用于探测钢缆绕行行程距离并将数据传输给主控电脑的高程编码器，抗风调节机构包括弹簧，钢缆串联弹簧后连接成环形结构；GPS定位装置安装在船体上，用于测量该处船体的高程数据；主控电脑基于由高程编码器探测的数据及GPS定位装置测量的数据算出钻杆的高程，并用于控制起重绞车的电机正反转。本发明解决高程计量在强风天气下剧烈波动的问题，避免由于强风天气导致高程数据激烈波动，影响施工质量、施工进度。