本发明提供一种能够制造制造后的初期的接合强度优异并且抑制微细的通道的形变的树脂制的微通道芯片的微通道芯片的制造方法。本发明的微通道芯片的制造方法对在至少一个表面形成微细的通道的树脂制的通道基板与树脂制的盖基板进行接合而制造微通道芯片，包含：对通道基板以及盖基板的接合面实施表面改性处理的工序(A)；在工序(A)之后，将通道基板的接合面与盖基板的接合面重叠，并在加热的情况下经由流体或硬度计硬度为E20以下的弹性体而对通道基板以及盖基板进行加压的工序(B)。