本发明涉及一种马铃薯种薯处理方法，包括：1.根据马铃薯种薯切块的要求，对马铃薯种薯的质量和芽眼总数进行分配，得到拟分割的芽块数及每个芽块含有的芽眼数；2.根据每个芽块含有的芽眼数，按照“坐标就近原则”提出两种分配方法，分别依次分配芽眼的三维坐标；3.根据步骤2中分配的相邻两个芽块上芽眼的三维坐标求解分割面；4.确定马铃薯种薯的执行切块方法。所述方法充分利用了点云模型能够体现马铃薯种薯三维空间结构及表面芽眼的空间分布这一特点，按照马铃薯种薯切块的要求进行芽块数、芽眼数及芽眼三维坐标分配，并求解分割面方程，利用所得分割面能够实现对马铃薯种薯的芽块分割，为实现智能化的种薯切块奠定了理论基础。