本发明公开了一种利用黑曲霉分离提取5,5＇‑氧代二(亚甲基)二呋喃‑2‑甲醛的方法，包括：取黑曲霉发酵菌丝体于电热恒温干燥箱中，45‑60℃烘干粉碎成菌粉，称取菌粉8‑10g，用菌粉与50mL丙酮在60℃水浴锅中回流3‑4h，然后用纱布过滤开残渣得到提取液，再用同样的方法进行2次回流提取，收集三次总提取液，并将该提取液用旋转蒸发仪在温度40‑60℃、压力为0.04‑0.06MPa的条件下旋蒸至丙酮挥干，得浓缩液；硅胶柱层析、反向柱层析、羟丙基葡聚糖凝胶柱层析、再次柱层析，并用环己烷：丙酮=30:1进行洗脱，洗脱液浓缩干燥得白色粉末。本发明生产成本低，操作简单，重复性好，溶剂残留少且易回收，减少了能源的消耗和废气的排放，大大降低了环境污染。