本发明提供一种盾构过侵限箱涵的施工方法。其具体施工方法如下：在盾构通过前，进行侵限箱涵的清理并凿除底板受力钢筋，随后进行素混凝土回填，并在回填素混凝土上方施做钢筋混凝土抗浮压板；盾构经过时，通过控制掘进参数，快速、稳定、连续推过箱涵，盾构穿过箱涵后通过管片吊装孔在成型隧道与箱涵之间注入特殊配方的惰性砂浆作为缓冲层，极大的保证了成型隧道与箱涵之间的受力传递，同时隔断地下水渗流寝室，对隧道的防水抗渗也起到了加强作用。此方法有效解决了箱涵侵入隧道范围的问题，同时保证后期隧道运行安全稳定。