本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义。