本发明公开了特高压分层接入下的换相失败预防协调控制方法及系统，该系统包括电压接入模块、低压逆变阀组的第一换相失败预防控制器、高压逆变阀组的第二换相失败预防控制器、低压协调控制器、高压协调控制器、异或逻辑原件、低压触发控制系统、高压触发控制系统，采用协调控制，当一层系统发生故障后，将非故障层逆变阀组换相失败预防控制器的启动时间提前到与故障层逆变阀组换相失败预防控制器的启动时间相同，实现二者的同时触发，在对称故障及不对称故障情况下均可以有效提升非故障层逆变阀组的换相失败抑制效果。