本发明属于生物制药技术领域，公开了一种铜绿假单胞菌基因工程疫苗候选抗原PA5505的纯化方法，通过基因工程技术将编码PA5505蛋白活性功能片段的DNA序列克隆至pGEX‑6p‑2载体上，构建大肠杆菌重组工程菌pGEX‑6p‑2‑PA5505/XL‑1 blue，通过诱导表达获得PA5505蛋白。本发明通过对表达PA5505的基因工程菌进行高压破菌、GST亲和层析、PP酶酶切、SP HP层析、Q HP层析等技术，获得高纯度的疫苗候选抗原PA5505。该发明纯化工艺简捷、容易放大、重复性好，所获目标蛋白纯度高，动物试验证明可有效刺激机体产生较高的体液免疫应答和良好的免疫保护作用。